مسجد استقلال بزرگ‌ترین مسجد در کشور اندونزی است که در زمینی به مساحت ۵/۹ هکتار بنا شده است.
طرح ساخت مسجد ده سال پس از استقلال اندونزی از استعمار آلمان و در سال ۱۹۵۴ میلادی برای اولین بار مطرح شد.
در سال ۱۹۵۵ این اشتیاق در سوکارنو رئیس جمهور اسبق اندونزی هم بوجود آمد تا بزرگترین مسجد اندونزی را بسازد بنابراین طرح ساخت آن را به مسابقه گذاشت.
یکی از شرایط مسابقه این بود که گنجایش مسجد باید بیست هزار نفر ‌باشد ظرفیتی که در سال ۱۹۸۴ میلادی و در زمان کامل شدن مسجد به صد ‌هزار نفر (شامل نمازگزارانی که در حیاط مسجد نماز می‌خواندند) هم رسید.
از شرایط دیگر مسابقه انتخاب مصالحی با عمر و دوام بالا و در صورت امکان قابل ساخت در محل بود. اکثر معماران اندونزیایی که در این مسابقه شرکت کردند، از ایده‌هایی ملی‌گرایانه استفاده کردند. در نهایت طرح سیلابان (فوت شده به سال ۱۹۸۶ میلادی) در این مسابقه رتبه اول را به دست آورد.
دولت اندونزی پارک «ویجاجا کاسیما» را به عنوان محل احداث بنا انتخاب کرد. پارکی که توسط یک کانال به رودخانه سیلیواگ در مرکز جاکارتا متصل می‌شد. برگزیدن این مکان برای بنایی مربوط به استقلال اندونزی از دو نظر جنبه ‌ای نمادگرایانه داشت. یکی آنکه این مکان، مرکز استقرار استعمار آلمان بود، و دیگر آنکه بنا در محل زندگی یادمان ملی کشور که با عنوان موناس شناخته‌ می‌شود قرار می گرفت.
در تاریخ ۲۴ اوت سال ۱۹۶۱ (۱۲ ربیع الاول سال ۱۳۸۱ هجری قمری، مقارن با تاریخ ولادت پیامبر اکرم(ص) از دید اهل تسنن) ساخت مسجد آغاز و کلنگ آن به وسیله رئیس‌جمهور سوکارنو بر زمین زده ‌شد.
مسجد استقلال در ۲۲ ماه فوریه سال ۱۹۷۸ به طور رسمی مورد بهره‌ برداری قرار گرفت، ولی قبل از این تاریخ نیز از این مکان برای اولین بار در سال ۱۹۶۷ برای بر پایی نماز جمعه استفاده شد.
در طی گذر سال ها سرمایه مورد احتیاج برای ساخت مسجد از طریق کمک‌های مردمی (فعالیت‌ها و نمایشگاه های مؤسسه خیریه یایسان‌ دانابانتوان) تامین می‌شد. در سال ۱۹۶۶ میلادی معلوم شد که این کمک‌ها برای ساخت مسجد اکتفا نمی کند.
بنابراین در سال ۱۹۶۹ میلادی پروژه به دستور سوکارنو توسط سرمایه‌گذاری دولتی به وسیله بانک اندونزی و وزارت بازرگانی و از طریق دبیرخانه ایالتی ادامه یافت. بدین ترتیب تا زمان اتمام مسجد در سال ۱۹۸۴ میلادی ساخت آن بوسیله برنامه‌های توسعه پنج ساله دولت انجام پذیرفت.
مسجد استقلال از دو بخش تشکیل یافته است. یکی بنای اصلی که در حدود ۱۰۰ متر طول و ۱۰۰ متر عرض دارد و دارای پنج طبقه است. مساحت اعیانی این قسمت از مسجد حدود ۳۶ هزار و ۹۸۰ متر مربع است که گنجایش حدود ۶۱ هزار نمازگزار را دارد.
گنبد اصلی مسجد با قطر ۴۵ متر و ارتفاع ۱۷ متر در این بخش جای گرفته است. بنای اصلی مسجد دارای ۱۲ ستون است که نشاندهنده ۱۲ ربیع‌الاول (تاریخ ولادت پیامبر اکرم(ص) از دید اهل تسنن) می باشد.
بخش دوم مسجد از تراس های پشت قسمت اصلی تشکیل یافته است که هزار و ۸۰۰ ستون را شامل می شود.
تراسی بسیار بزرگ با مساحتی معادل ۱۹ هزار و ۸۰۰ متر مربع در کنار این بخش به چشم می خورد که برای فعالیت هایی همچون برگزاری مسابقات قرآن کریم و یا مراسم عید فطر و عید قربان استفاده می شود.
مسجد استقلال دارای مناره‌ای به ارتفاع ۷۰ و قطر ۵ متر است. مناره در سمت راست ورودی بنا قراردارد. کتیبه ‌های مسی بر روی دیواره‌ های آن به چشم می خورند.
در فضای داخلی مناره هیچ قوسی دیده نمی شود و تزئینات بسیار کمی هم در آن استفاده شده ‌است. به کمک نورهای طبیعی و مصنوعی به خوبی روشنایی نمازخانه تامین می شود. روکارهای فولادی و کاشی‌های سرامیکی و مرمری داخل به خوبی صیقل یافته تا سطوحی براق‌ و زیبا خلق شوند.
استفاده از عناصر سنتی معماری عثمانی در مساجد دولتی مالزی از جمله مسجد استقلال به چشم می خورد. تاثیرپذیری که که علاوه بر مساجد دولتی مالزی در کشور پاکستان هم دیده می‌شود.
تاثیر معماری سوسیالیستی واقع‌گرایانه اتحاد جماهیر شوروی هم در بسیاری از بناها و یادمان‌های اندونزی از زمان جنگ این کشور برای آزادی تا زمان ریاست‌جمهوری سوکارنو(از جمله مسجد استقلال) به‌ روشنی حس می شود.
تاثیر مستقیم و غیر مستقیم مشاوران شوروی سابق در شکل‌گیری معماری مسجد استقلال غیر قابل انکار است. چنانکه سوکارنو در زندگینامه ‌اش می‌ نویسد: «کشورهای کمونیستی به اندونزی یادبودی برای زنده نگه‌ داشتن تلاش‌ هایش هدیه داده ‌اند. کاری که دنیای به اصطلاح آزاد در انجامش ناتوان بود. چرا که ما مردمی هستیم که با سمبل ‌هایمان پیشرفت می‌کنیم. »
گنجایش مسجد استقلال در فضای داخلی حدود ۱۰۰ هزار نفر و همین گنجایش را هم در فضای باز دارد. این مسجد همچنین فضایی در حدود ۳۵/۳ هکتار برای پارک حدود ۸۰۰ اتومبیل دارد.
مسجد استقلال همچنین دارای دفاتر مرکزی برخی از سازمان‌های مذهبی و دینی اندونزی است. مانند: دفتر مرکزی مجلس علماء اندونزی، شورای مساجد اندونزی، مرکز توسعه علوم قرآنی و تلاوت قرآن، دفتر مرکزی کتابخانه اسلامی اندونزی، اتحادیه هنرمندان و فرهنگ دانان اسلامی اندونزی، سیستم ۴۰ ساعته تفسیر قرآن و فدراسیون زنان مسلمان اندونزی و ...
مسجد استقلال دارای فعالیت های برنامه‌ریزی شده مذهبی در طی روز، ماه و حتی سال نیز می باشد. این مسجد در جنوب شرقی آسیا بزرگترین مسجد از نظر ظرفیت نمازگزار است.
به لحاظ مساحت، مسجد استقلال بزرگترین مسجد جنوب شرقی آسیا و چهارمین مسجد بزرگ جهان است. اندونزیایی ها این مسجد را به پاس شکر نعمت خداوند و به مناسبت گرامیداشت روز استقلال کشورشان بنا کردند، به همین دلیل آن را «استقلال» نامیدند.